ظروف سيامته:
نفي الإمبراطور يوستنيان البابا الإسكندري ثيؤدوسيوس الأول (33)، وأقام بطريركًا دخيلاً لم يجد من الشعب القبطي إلا كل مقاومة. عاد فأمر بسيامة أبوليناريوس في مدينة القسطنطينية ليعتلي الكرسي الاسكندري، وقد انطلق إلى الإسكندرية ليدخل الكنيسة في زي قائد حربي. هناك خلع ثيابه ليعلن المرسوم الإمبراطوري بتنصيبه بطريركًا وقبول الإيمان الخلقيدوني، فبدأ السخط على الوجوه وحدثت احتجاجات، فصدر أمره للجند بالمقاومة والقتل داخل الكنيسة، واستشهد الكثيرون، ودُعي ذلك اليوم "المذبحة". وجد أبوليناريوس كل مقاطعة من الأقباط بينما كان البابا الشرعي في أحد سجون القسطنطينية حيث قضى فيه 28 عامًا حتى تنيح. مات يوستنيان ليتولى يوستين الثاني العرش، ويسلك على منوال سلفه حارمًا الأقباط من أبيهم الروحي الشرعي، محاولاً أن يسند أبوليناريوس رغم إصرار الأقباط على مقاطعته. تنيح البابا الشرعي في السجن وظن أبوليناريوس أن الأقباط يستسلموا ويخضعوا بعد سنوات هذه مدتها عاشها البابا في السجن، لكن على العكس شعر الأقباط باليتم، طالبين سيامة بابا شرعي لهم. وإذ شعر أبوليناريوس أن نياحة البابا زادت الجو سوءًا على غير ما توقع طلب من الحاكم نفي كل أسقف أرثوذكسي فلا يجد من يعاونهم على اختيار بطريرك، وإن اختار الشعب فلا يوجد أساقفة يقومون بسيامتهم. هذا من جانب ومن جانب آخر أقام وليمة ضخمة دعي فيها الكهنة وأراخنة الأقباط لكي يكسب ودّهم، لكن الأقباط لم يكسرهم العنف ولا أغراهم التملق، إذ أصروا على سيامة بابا شرعي لهم. بتدبير إلهي استبدل الإمبراطور والي الإسكندرية بآخر يدعى أريستوماخوس، أظهر عطفًا على المصريين ومودة شديدة، فسألهم أن يقصدوا أحد الأديرة القريبة من الإسكندرية ليقوموا بسيامة من ينتخبوه بابا لهم. بحث الأقباط عن أقرب ثلاثة أساقفة مستبعدين عن كراسيهم مع بقائهم في داخل البلاد، وفي هدوء تمت سيامة البابا بطرس الرابع في دير الزجاج الذي كان راهبًا فيه، وامتلأ الكل فرحًا وتهليلاً.
أتعابه:
لم يكن ممكنًا لأبوليناريوس أن يقف متفرجًا على هذا الحدث الذي هزّ أعماقه وحطم نفسه تمامًا، فأرسل إلى الإمبراطور يستغيث به من جسارة المصريين. مُنع البابا من دخول الإسكندرية، وبقى يتنقل من ديرٍ إلى ديرٍ، لكن سرعان ما مات أبوليناريوس لتخف حدة التوتر بين الإمبراطورية البيزنطية والمصريين إلى حين إذ استبدل الإمبراطور الوالي أريستوخاموس بوالٍ آخر، كان عنيفًا مع المصريين فحرم على البابا دخوله الإسكندرية. أما البابا فصار يتنقل بين الأديرة بقلب مملوء حبًا واتساعًا وبهجة داخلية، ممارسًا عمله الرعوي خلال رسائله مع شعبه ومع بعض أساقفة الشرق. كانت الأديرة المحيطة بالإسكندرية تبلغ حوالي 600 ديرًا فكان الشعب المصري والأثيوبي ومن النوبة يقدمون إلى الأديرة ليلتقوا بباباهم الساهر على رعايتهم. في إنطاكية كان الكرسي الإنطاكي شاغرًا بعد نياحة القديس ساويرس الإنطاكي بمصر، وإذ سمعوا أن الأقباط قاموا بسيامة بابا لهم تشجعوا هم أيضًا وقاموا بسيامة راهب ناسك مملوء حكمة يسمى ثيؤفانيوس، يشارك البابا الإسكندري آلامه إذ كان هو أيضًا يعيش في دير خارج مدينة إنطاكية كمطرودٍ من أجل الإيمان، وتلاقى الاثنان معًا على صعيد الألم خلال الرسائل المتبادلة بينهما، وكانت هذه الرسائل سبب تعزية للشعبين. رحلات رعوية بعد موت أبوليناريوس الدخيل استطاع البابا أن يخرج من عزلته إلى حد ما فكان يتنقل بين المدن والقرى، وقد قام بسيامة أسقف لجزيرة فيله، كما صار يبحث عن سكرتير خاص به يسنده في عمله الرعوي، فاختار راهبًا شماسًا من دير بجبل طابور غرب الإسكندرية يدعى دميانوس، عُرف بالحكمة والعلم مع التقوى والورع، كما كان كاتبًا ومصورًا ماهرًا، محبًا لحياة الوحدة والعزلة. أخذ البابا تلميذه هذا الذي لم يستطع أن يرفض طلب أبيه لعلمه بما يتحمله الأب من مرارة وما تعانيه الكنيسة من آلام. ودخل الاثنان الإسكندرية، ولم يدم البابا على كرسيه كثيرًا إذ تنيح سنة 570م، أي بعد عامين من سيامته، مملوءة آلامًا في الرب. في أيامه وفد إلى مصر أيوب البرادعي، وقد دعى كذلك لأنه لا يلبس إلا خرق البرادع، نشأ في دير بجوار الرّها يسمى دير الشقوق، وقد سيم أسقفًا على الرّها عام 541 م.